針對當前重點流域水環境污染屢禁不止的現象，福州市出臺由紀委牽頭督查，環保、農業、水利、林業等部門實施加以治理的措施，加大治理力度，有效遏制了水環境污染擴散的現象。
據福州市紀委介紹，為保護水生態環境，自2011年12月起，福州市12個縣(市)區監察局和10個派駐市直監察機構先后派出27個督查組，共督查59個單位，檢查77個項目，發現問題79個，提出整改意見9條，下發整改通知書17份。從12月下旬起，福州市監察局聯合市環保局、農業局等部門組成3個督查組開展重點督查，先后派出33人次，督查了各縣(市)區重點流域水環境綜合整治任務完成情況，提出整改意見32條，督促建立相關制度5項，有效推進了重點流域水環境綜合整治工作。
福州市下屬的長樂市地處閩江南岸最下游的閩江口，曾長期遭受養殖污染、工業污染和生活污染。在紀委部門的督查下，環保、農業等有關部門下大力氣進行水污染專項整治工作，先后投入1億多元對全市重點流域環境進行全面整治。
據長樂市紀委介紹，通過拆除水源地保護區內所有排污口和水源地周邊所有規模化畜禽養殖場;關停造紙、皮革等7家污染嚴重企業;加強重點行業整治，全市25家染整企業排水全部實現了深度處理和中水回用等措施，閩江流域長樂段水環境綜合治理取得明顯成效。經環保部門檢測，長樂境內35公里的閩江流域，干流水質達標率達100%，支流水質達標率達91.7%;重點水源保護區炎山水源水質達標率達100%;鄉鎮集中式飲用水源水質達標率達100%。
福州市紀委表示，針對個別地方政府重經濟發展、輕環境保護的現象，紀委部門強化責任追究，對不依法執行監察決定或采納監察建議，未按時整改到位的;轄區流域內發生因流域環境整治不到位造成重大環境突發事件的，將追究有關政府主要負責人及相關責任人員的責任。同時，嚴肅查處因流域環境整治不到位造成重大環境突發事件等背后的失職瀆職案件和腐敗問題。
據了解，福州市下屬倉山區、閩侯縣、連江縣由于完成任務滯后被紀委部門發出監察建議書;工作嚴重滯后負有責任的閩侯縣青口鎮政府主要領導和分管領導已被紀委部門予以效能告誡。
另外，福州市還推進水環境污染整治的長效機制建設。福州市紀委表示，將通過專項監察，全面了解和掌握重點流域水環境綜合整治問題，提出解決問題的建議，推動各級政府、市直各職能部門分析在制度、管理上存在的漏洞和薄弱環節，研究完善相關制度，建立健全流域水環境管理長效機制，確保綜合整治后問題不反彈、不回潮，鞏固流域水環境綜合整治成果。
